Юг Алтая был населен с конца неолита, о чем свидетельствуют древние петроглифы. На плато Укок есть курганы афанасьевской культуры 3-4 тыс. до н.э. На смену ей пришла пазырыкская культура, получившая мировую известность. Затем на этой же территории оставили свой след тюрки, уйгуры и хакасы (енисейские кыргызы), позже здесь установилась власть монголов. В своей более поздней истории, после распада великой орды, их государством на территории Восточной Монголии и современного южного Алтая была Джунгария. Она, просуществовала до середины XIX века и после падения вошла в состав Китая. Так случилось, что в это же время шла русская экспансия на Алтай, и ее следствием стал Чогучакский мир, подписанный в 1864 году с Китаем, по которому России отошла вся территория басейнов рек текущих на север в Северный ледовитый океан, В том числе - плато Укок и бассейн рек Джазатор и Аргут. В это время китайцы, свернув свои приграничные пикеты ушли и земли Южного Алтая стали "ничьи", так как теленгитские роды здесь не жили. Эти земли были хорошо известны казахам, которые ходили через Укок в долину реки Кобдо (Современная Монголия) и в Синьцзян Китай).

В конце XIX века, на территории современного Восточного Казахстана случилась междоусобица и  казахские роды сарыкалдыков , вынуждены были бежать в Синьцзян. Их путь пролегал  из долины реки Бухтармы, через перевал Укок и дальше в Китай, через перевал Канас. Бежали с основным богатством степняков - скотом, с юртами и со всем скарбом. Поскольку Канас - достаточно крутой  снежно-ледовый перевал, то для  того, чтобы перегнать через него скот, казахи постелили на снег войлоки от юрт, и по ним перегнали свои стада овец. Часть скота не смогла перейти, и их оставили вместе со старыми и немощными людьми на Укоке.  Перезимовав здесь, и найдя Укокские пастбища пригодными для скота, оставшиеся люди летом откочевали вниз по реке Ак-Алаха до реки Джазатор, где стали на летовку. Именно "летняя стоянка" и переводится слово Джазатор.
Русские экспедиции конца XIX века Шмурло и Сапожникова уже отмечали, что в районе Укока, Ак-Алахи и Джазатора достаточно много кочующих киргизов (так до революции называли казахов) - до 140 кибиток. Основные тропы, по которым шло торговое сообщение местных казахов проходили по рекам Карагем - в Кош-Агач, и через плато Укок в монгольский город Кобдо. Также не прекращались тесные контакты через перевал Укок с казахами Бухтармы. В советское время многие Джазаторские казахи ездили к Бухтарминским в гости, и у многих там до сих пор есть родственники. После объявления независимости Россией и Казахстаном это стало делать очень трудно, так как теперь нужно ездить вокруг, около 2000 км через Усть-Каменогорск.
 В 10-20-е годы происходили постоянные перекочевки казахов из Монголии и Китая, в результате которых число жителей Джазатора значительно выросло.
После Октябрьской революции, и в начале 20-х годов чуть ниже Джазатора на Аргуте, в неприступных долинах, держал оборону отряд алтайского сопротивления под командованием Кайгородова. Костяк отряда был родом из Уймонской долины и большинство были кержаки и алтайцы.
В советское время в Джазаторе был организован колхоз, в селе была открыта школа, а по дороге на перевал Теплый Ключ заработал вольфрамо-молибденовый рудник.
Во время Великой Отечественной войны многие жители села были призваны в армию и ушли на фронт.
К 90-м годам в село Джазатор была построена грунтовая дорога в районный центр Кош-Агач (строится и ремонтируется до сих пор) и стояло 2 дизель генератора, дающих электричество.
Совсем недавно в 2007 году им на смену пришла современная ГЭС на реке Тюнь, обеспечившая село не только электричеством, но и позволившая прийти сюда мобильному оператору - МТС и интернету.